Die neurologischen und pharmakologischen Wirkungen von therapeutisch verwertbaren psychoaktiven Stoffen sind soweit erforscht, wie dies für die Praxis relevant ist. Diese Forschung an Universitäten läuft weiter. Das Institut für Substanzunterstützte Therapie unterstützt dagegen die erst seit ca. 2020 wieder einsetzende Erforschung der therapeutischen Wirkungen und ihrer Voraussetzungen und Rahmenbedingungen.
Zu diesem Zweck arbeitet das Institut mit Universitäten und anderen Forschungseinrichtungen zusammen. Denkbar ist hier auch die Beforschung der vom IST oder seinen Mitarbeiterinnen oder Mitarbeitern durchgeführten Therapien oder ein Vergleich verschiedener Therapiemethoden bzw. Formen der substanzunterstützten Therapie.
Das IST führt unter Umständen auch selbst derartige Forschungen durch.